Metódy v bioinformatike - 12 - RNA

Zhrnutie prednášky

Prednáška sa venuje funkčným RNA molekulám, ktoré majú v bunke vlastnú úlohu, a ich sekundárnej štruktúre. RNA sa od DNA líši ribózou, uracilom namiesto tymínu, kratšou dĺžkou a jednovláknovou povahou, pričom sa skladá do helixov, slučiek, bulgov a rozvetvení vďaka párovaniu komplementárnych báz (okrem A-U a C-G aj nekanonický pár G-U). Sekundárnu štruktúru možno zapísať pomocou zátvoriek, no štruktúry s pseudouzlami netvoria dobre uzátvorkovaný výraz, čo komplikuje mnohé algoritmy. Preto sa pseudouzly často ignorujú, hoci sú v databázach pomerne časté. Na záver je formulovaný problém predikcie štruktúry ako hľadanie dobre uzátvorkovanej štruktúry s maximálnym počtom párov, riešiteľný dynamickým programovaním.

• - RNA sa líši od DNA: ribóza, uracil namiesto tymínu, kratšie jednovláknové reťazce.
• - Primárna štruktúra je sekvencia, sekundárna sú páry komplementárnych báz, terciárna je 3D poloha atómov.
• - Typické prvky sekundárnej štruktúry sú helixy, slučky (loop), bulge a rozvetvenia; okrem A-U a C-G sa vyskytuje aj pár G-U.
• - Sekundárnu štruktúru možno zapísať pomocou otváracích a zatváracích zátvoriek, nespárované bázy sa značia bodkou.
• - Pseudouzly sú štruktúry s krížiacimi sa pármi, ktoré nie sú dobre uzátvorkované; mnohé algoritmy ich nezvládajú, hoci stačí odstrániť asi 1,4 % párov.
• - Najjednoduchšia formulácia predikcie je nájsť dobre uzátvorkovanú štruktúru s čo najväčším počtom párov A-U a C-G.
• - Takýto problém sa rieši dynamickým programovaním.

Zhrnutie pripravené s pomocou AI z prepisu videa.