Metódy v bioinformatike - 12 - RNA

Zhrnutie prednášky

Prednáška sa venuje funkčným molekulám RNA, ktoré majú v bunke vlastnú úlohu a nie sú len predlohou pre proteíny. RNA sa od DNA líši tým, že obsahuje ribózu a uracil namiesto tymínu, je kratšia a jednovláknová, no skladá sa do sekundárnej štruktúry vďaka komplementárnym párom báz (okrem A-U a C-G sa občas vyskytuje aj pár G-U). Sekundárnu štruktúru tvoria helixy, slučky, vydutiny a rozvetvenia a zapisuje sa pomocou zátvoriek a bodiek. Štruktúry bez prekrížených párov sú dobre uzátvorkované, kým prekrížené sa nazývajú pseudouzly; tie sú pomerne časté, no väčšina algoritmov ich nezvláda, preto sa často ignorujú. Úloha predikcie štruktúry sa formuluje ako hľadanie dobre uzátvorkovanej štruktúry s čo najväčším počtom párov, čo sa rieši dynamickým programovaním.

• - RNA obsahuje ribózu a uracil (U) namiesto tymínu a je väčšinou krátka a jednovláknová.
• - Primárna štruktúra je sekvencia báz, sekundárna sú páry komplementárnych báz, terciárna je 3D poloha atómov.
• - Okrem párov A-U a C-G sa občas vyskytuje nekanonický pár G-U.
• - Sekundárna štruktúra obsahuje helixy, slučky (loop), vydutiny (bulge) a mnohonásobné rozvetvenia.
• - Štruktúru možno zapísať zátvorkovou notáciou; nespárované bázy sú bodky.
• - Pseudouzly sú prekrížené páry, ktoré robia problém algoritmom; stačí odstrániť asi 1,4 % párov, aby zostala dobre uzátvorkovaná štruktúra.
• - Prvé zjednodušenie predikcie je maximalizovať počet párov v dobre uzátvorkovanej štruktúre pomocou dynamického programovania.

Zhrnutie pripravené s pomocou AI z prepisu videa.